牙醫館為四層樓之建築，啟用於民國七十年，占地 1427.74 平方公尺，使用面積約為3303平方公尺，牙醫系尚有醫學二館使用面積約為50平方公尺。目前全部空間規劃區分為教師研究室、研究實驗室、教學實驗室與教室、行政辦公室與器材室等四類。
教師研究室： 教師研究討論與辦公業務使用，共計有22間。
研究實驗室：目前為細胞病理研究室、分子生物研究室、免疫分生研究室、口腔組織胚胎研究室、生醫材料及電化學研究室、生醫材料及組織工程研究室、BSL2研究室、口腔免疫研究室、放射線同位素研究室、生物力學研究室、細菌研究室、掃瞄式電子顯微鏡研究室、組織工程研究室、共同儀器室、研究生與助理研究室3間(含醫學二館研究生室2間) 、牙科貴重儀器實驗室等。
教學實驗室與教室：供大學部學生牙科臨床前實驗課使用，計有口腔病理實驗室、口腔醫學多功能實驗室、齒顎矯正實驗室、活動贋復實驗室、固定贋復實驗室以及石膏室等，各實驗室除提供多門牙科實驗課程使用外，亦作為課程授課使用。尚有視聽教室、小班教學討論室等，目前作為院級演講、PBL課程、遠距視訊教學之使用。
行政辦公室與器材室： 計有牙醫學院系所行政辦公室、院長辦公室，以及牙科器材室、教具室、庫房等。
大學部及研究所之硬體設備
本籌備處一向重視學生的基礎訓練，並盡量讓每一位學生均能有親自動手操作的經驗，而非僅是分組實習。故從顯微鏡、實驗桌、高速手機、慢速手機及模擬口內操作的人頭模型均為每人一台。另外為了因應資訊時代之需求，本系所除已於七年前完成網路架設外（每個研究室及實驗室皆可直接上網聯絡），並逐年編列預算，購置資訊設備軟、硬體，以及教學圖書設備以滿足未來教學及研究之需要。
CADCAM
本系校友於2014年捐贈最新之電腦輔助設計至電腦輔助製造之一體化先進設備，透過口掃機至軟體影像模擬分析，再由三維雕刻機製造成型，使牙科臨床應用、實驗及研究邁向一全新的領域。
Endo 顯微鏡
校友會於2014年捐贈最新之Endo 顯微鏡，本設備具備有高解析度顯微鏡、附有LED 高亮度直接光源、Full HD的影像儲存與錄影系統、Full HD的影像螢幕輸出。除應用於Endo實驗課程，本設備亦廣泛應用於顯微贋復的臨床治療與研究實驗的領域。
數位X光機
本系近年陸續添購全新X光機設備、牙根尖數位X光片掃描器，目前已擁有完整兩套數位化X光機設備，搭配影像處理軟體電腦2部，已擴展至牙科教學實驗室電腦影像連線即時觀看與教學評比。
Prep-assist
牙科贋復實驗導入Kavo三維牙體掃描系統，具有三維影像掃描器及電腦影像評比系統，藉以達到牙科贋復精準與客觀的標準；此外本系亦開發出適用於此設備之其他廠牌齒模模型，提高本機器的廣泛適用程度。
口腔顎面外科與解剖實驗設備
主要含動物實驗臺、無影手術燈、外科手術器械、點滴架、器械台、自動開關刷手台、及動物呼吸器、顯微手術設備等。
牙周病學實驗設備
主要含有各種牙周模型、多組手術設備、潔牙機、牙科植體系統、並配合牙科放射線診斷設備如牙科根尖X光機、X光片洗片機、光纖光線機。
兒童牙科與齒顎矯正實驗設備
主要含看片箱（桌）45套、模型整修機、矯正治療計劃影像處理系統、矯正牙齒移動模擬系統、 五倍大牙模型、乳牙模型、有根模型、雕牙順序等模型 。
贗復及牙體復形實驗設備
主要含學生實習操作桌與實習技工桌各45套、包含高速手機、慢速手機（直、彎）三用噴槍及吸塵器等。更配有人頭模型，裝上齒模即可模擬病人口內治療之各項技能。另有石膏修磨機、鑄造機、沖臘機、微電腦瓷牙烤爐、高溫烤爐、慢速技工用手機組、磨光機、煮模機、洋菜溶煮機、電解槽、齒模修整機、真空攪拌機、高速研磨機、油壓機、低溫烤爐、噴沙機、 平行量度儀、牙模內側植牙機、鹵素光機。
活動贗復實驗室設備
主要是全口及局部活動假牙實驗室，設有45套慢速技工用手機組，內含膝控開關吸塵器等。配合石膏室的使用，提供學生良好的活動贗復實驗環境。
石膏室設備
設有各種修模、鑄造、沖臘等設備，主要功能是提供學生在贗復實驗中，了解自取模至製模完成各項技工步驟所需的技能。
材料研發及測試系統設備
主要有真空陶瓷烤爐、鈦金屬鑄造機、可程式化高溫爐、真空包埋機、高速精密切割機、自動研磨機、粉末研碎機、粉末篩選機、萬能測試機、荷重檢出器、硬度試驗機、粗糙度檢測儀、輪廓投影機、全自動測色機、光線折射計、線性差動變壓器、測試夾具組合、立體顯微鏡等；這些設備可用來研發新型牙科材料，如複合樹脂、汞齊、玻璃子複合體、新式陶瓷複合物等。粉末研碎機和粉末篩選機用於材料的準備，而真空陶瓷烤爐、鈦金屬鑄造機和可程式化高溫爐則用於材料的製作。藉由真空包埋機、高速精密切割機、自動研磨機完成測試樣品。再以萬能測試機、硬度試驗機、粗糙度檢測儀、輪廓投影機、全自動測色機、光線折射計、線性差動變壓器、測試夾具組合、立體顯微鏡偵測多項物理性質，如破裂強度、材料韌性、彈性係數、粗糙度，耐磨度，透光度及顏色變化等。
肌電生理及應變測量設備
肌電圖測量儀、多頻道信號放大儀、應變指示器、應變測量儀、黏貼裝置；肌電圖測量儀為用於測量肌電位變化之儀器，用於咀嚼肌活動、下顎運動、及咀嚼時肌電位之變化等相關研究。應變測量儀，為用以測量物體接受外力後產生應變情形之測量儀器。其特點為具極高精密度及準確性，並可用於測量各種不同材料受力後所產生之應變情形。目前用於贗復學如種植體牙橋贗復物受外力時之形變等相關研究。
超顯微研究設備
主要設備含掃描型電子顯微鏡、高真空增壓碳鍍膜機、臨界點乾燥機、金屬鍍膜機、硬組織切片機、超薄切片機、影像分析裝置；掃描型電子顯微鏡乃日立公司出品之 S-2700型，具有相當高倍(x10000)之解析能力，增加高真空增壓碳鍍膜及金屬鍍膜設備，可以詳細的了解物體的立體構造，為牙醫系所師生研究超顯微型態不可或缺之設備。臨界點乾燥機提供了一個很適宜的氣液相平衡狀態，使生物體在乾燥的過程中，不致於萎縮變形。而硬組織切片機乃Leica公司之產品。配備鎢碳鋼刀可以切割一般切片機無法切割的硬組織，是研究骨組織、鈣化組織，或生物醫學硬材料的必備設備。超薄切片機乃是Leica公司出品之Reieit 切割設備。可以切割生物體至100nm厚度，如能配合連續切片裝置，可以將切割好的連續切片輸入影像分析裝置，組合成三度空間之立體影像，是超顯微研究之重要設備。
測顱x光片分析及研究設備
主要設備含電腦 2台、數位板、掃描器、RGB 攝影機、照相機、繪圖機、印表機2 台、幻燈片製作機；測顱x光片分析可分為三部份：A. 輸入部分:可以用數位板、攝影機或掃描器將x光片之資料輸入電腦儲存。B.分析部分:將儲存之x光片，以軟片作各種不同之處理，作診斷、生長變化及預估、治療結果評比等等之研究。C.輸出部分:除列印一般結果外，配合照相機攝得之患者外貌，可作多種影像合成，並作成幻燈片供研究、教學之用。
細菌與細胞培養及研究設備
三次水純水系統、無菌操作臺、二氧化碳恆溫培養箱、顆粒計數分析儀、低速離心機、倒立顯微鏡、磁力細胞分離器、恆溫培養箱、厭氧操作箱、螢光顯微鏡、超音波樣品處理機、酵素免疫分析測讀儀、低溫冷凍冰箱等；三次水純水系統主要提供細胞培養所需之純淨水質。無菌操作臺可提供一個無菌的操作環境，以避免細胞遭到細菌或黴菌等微生物之污染，而二氧化碳恆溫培養箱為培養細胞時必須的生長環境。顆粒計數分析儀可以測定單位體積粒子或細胞數目的大小及分佈，並配有電腦軟體可分析特定時間內的總計數、自動間隔再計取及簡單資料處理之功能。藉由低速離心機來集中懸浮於溶液中的細胞，而倒立顯微鏡的功用則是利於觀察細胞。磁力細胞分離器乃一高能永久磁鐵，配備以不同規格之不袗絲分離管。利用帶有微粒金屬之抗體，針對各種細胞表面不同的標記，可用於分離細胞。其最主要的特色是能從細胞混合液中，高度純化稀少之細胞族群，除了適合於分離血液中各類血球細胞及其前身外，亦可用在選擇癌細胞，轉殖細胞等方面，甚或分離訊息核醣核酸。目前本儀器主要被用於人類嗜伊紅性白血球之研究上。恆溫培養箱可設定溫度，含有震盪裝置，可培養細菌於固定凝膠或液體培養液，除培養口腔細菌外，也可培養基因轉殖之大腸桿菌，以提供大量分子生物基因研究之材料。厭氧操作箱則提供一個無氧的操作台及培養箱，應用於培養口腔中之厭氧菌，如牙周致病菌之研究。螢光顯微鏡可顯微觀察產生螢光之樣本，可用於偵測細胞特異性抗原。超音波樣品處理機具一般探針及杯型探針設備，利用超音波將樣本均質粉碎，可應用於細胞溶解粉碎，以研究其中成份之特性。酵素免疫分析測讀儀可用於酵素呈色反應、酵素動力實驗、抗生素最小抑制濃度、凝集試驗、補體固定試驗、單層細胞活性或毒性測定。
生化及分子生物研究設備
電泳設備、銀染色機、紫外光照相系統、聚合膠乾燥器、玻片照相系統、光譜儀、轉漬系統 (包括點漬器、半乾轉漬器、和槽型轉漬系統)、高速離心機、真空離心機、控溫循環器、雷射掃瞄密度偵測儀；而電泳設備主要是以洋菜膠或聚合膠將DNA、RNA或蛋白質依其化學特性分離，其所需之設備包括不同大小形狀之電泳槽（主要可分為水平式或垂直式），及電源供應器（高壓或低壓）。分析電泳結果之相關設備包括：銀染色機以偵測微量之DNA或蛋白質、紫外光照相系統和聚合膠乾燥器；玻片照相系統則可以將顯微玻片上呈現的影像數位化，能直接拍攝成照片或幻燈片，亦可藉電腦系統加上文字或符號後再拍片或存檔。光譜儀配備有可見光及紫外光兩種光源可作固定波長、波長掃瞄及連續時間測試，應用於蛋白質或核酸之定量，細菌濃度測試以及酵素活性分析等。轉漬系統包括點漬器、半乾轉漬器、和槽型轉漬系統分別利用抽氣過濾和電壓，將核酸或蛋白質轉漬固定於膜上，以供定性或定量分析。高速離心機的高離心轉速可以將沉澱狀態的DNA、RNA及蛋白質自溶液中分離，而真空離心機於轉動時可同時抽真空，使水份能快速蒸發，而達到濃縮樣品的目的。控溫循環器為進行聚合酵素連鎖反應（PCR）所必須之設備，應用於偵測極微量之DNA、RNA樣品。雷射掃瞄密度偵測儀測定分析密度，應用於染色之電泳膠片的分析，X光片樣本密度之偵測，並可將資料建入電腦資料檔案，進行定性及定量之分析。
視聽與網路設備
主要設備包含有電腦及網路儲存伺服器、投影機、筆記型電腦、錄影編輯器、錄放影機、幻燈機、視聽機、影音編輯與轉換軟體、影像伺服器外；全館設置有線網路及教室公用區域無線網路。本系擁有以上設備，其主要功用在於提供視聽教學各項硬體與軟體的支援，提供製作教學節目及院級演講等。在製作教學節目方面，無論錄影、編輯、影片儲存等均可自行製作及上傳至網路儲存媒體。並可將攝錄影訊號經由影音編輯軟體，直接製作為數位式教學節目。所有教室陸續換新高流明度投影機及全新銀幕，如此不但改善教學品質，又可播放教學數位檔案，將來可配合教室網路系統，作為網路教學及影像評比。牙醫館視聽教室為一階梯式教室，可容納約100人，除了一般教學上課亦提供院級演講及牙科PGY繼續教育訓練課程等。
教學圖書
國立陽明交通大學圖書館及教學醫院圖書館共計有中文圖書六萬餘冊，西文圖書五萬餘冊；並且目前長期訂閱的中文期刊雜誌七百餘種，西文期刊雜誌千餘種；視聽資料五千餘件，光碟資料庫共101種。而相關於牙醫學範疇之中文圖書共一百七十五冊，西文圖書共一千一百五十八冊；中文期刊四十六種，西文期刊二百七十五種。另有視聽教材共六百三十捲，幻燈片共六百六十五套。
近年來因電腦資訊科學發展日新月異，各個領域均與電腦產生密切之關係，而此種趨勢亦顯見於現代生物醫學，及與醫療相關的領域中；而知識之取得方式除傳統之紙本圖書、期刊及雜誌外，已傾向於網際網路上之全球資訊網伺服器，以及數位化圖書館；此外，網路教學如：醫學資訊、醫學影像、以及遠距教學等，將成為現代醫學教育的重要一環。為因應此種趨勢，國立陽明交蓪大學業已成立衛生資訊與決策研究所，並且編列九億之預算，建構地下2層地上9層硬體設備之圖書資訊大樓，以落實未來數位化醫學圖書大樓之需求。