沿革
原臨床牙醫學研究所經行政院教育部核准成立於民國81年8月。自成立前1年由當時之牙醫學系系主任詹兆祥，極力延攬國外師資，推薦當時之台北榮民總醫院牙科部口腔顎面外科主任張哲壽副教授開始籌備。成立後由張哲壽教授受命兼任所長，並延攬留日歸國學人2人，留歐學人1人，同時合併部分牙醫學系副教授以上師資及北、中、高榮民總醫院主治醫師以上臨床醫師共同推展本所之教學與研究工作，民國81年首期招收牙科贗復學組、兒童牙科學組、牙周病學組及齒顎矯正學組的研究生，第2年增招口腔顎面外科學組的研究生，迄今已陸續有10個不同之臨床及基礎學組成立，除繼續延攬歸國之學人及畢業校友加入本所之教學與研究工作，壯大及加強本所之師資，在課程上也做了適度的調節與改進，尤其對新進老師更鼓勵開闢新課程，使學生能吸收更新之牙醫科學，25年來我們已塑造出本所特色之課程如牙醫學專題討論，口腔臨床病理討論，以及各臨床專科之病例討論會，融合了牙醫基礎及臨床教育，以培養牙醫不同專科之師資及研究人員，並發展高度之臨床專業技術。前幾屆畢業之研究生對本所之教育訓練計劃皆予以肯定。89年成立博士班，使教育體系更臻完備，現有碩班畢業校友140名及博班校友25名。
現況
臨床牙醫學研究所自95年與牙醫系融合為一貫學制，更名為牙醫系碩士班、博士班，結合基礎及臨床之師資，畢業之研究生除可成為牙醫教育之良好師資同時也接受訓練成為不同牙醫領域之專科醫師經本所臨床訓練之學生，幾乎都順利取得專科醫師資格，本所之師資涵蓋牙醫基礎醫學及臨床學門的老師，另有合聘教授、副及聘請基礎醫學教授數人外，同時更由北、中、高榮總口腔醫學部助理教授級以上之主治醫師分別負責基礎醫學及牙醫臨床教學課程，目前以教授10人，副教授及助理教授15人，及主治醫師30人以上之強大師資陣容，共同教授及指導學生。現在學研究生50人，包含博士班19人，碩士班31人，並有多名國際研究生就讀，以1.8位師資對1位學生之教學狀況是國際一流水準之研究所教育。本研究所碩士班共有牙科贗復學組、牙周病學組、牙髓病學組、兒童牙科學組、齒顎矯正學組、口腔顎面外科學組、預防牙醫學組、家庭牙醫學組及口腔病理學組，組織工程組及顎顏神經科學組，但目前因某些專科之治療椅所限採局部學組開放，研究之領域包括牙科材料之基礎研究、生物材料之機械力及組織學之研究、口腔癌與嚼食檳榔之關係、牙周骨缺損骨誘因子之研究，牙周韌帶再生研究、牙齒及口腔植體之力學及組織學研究、顳顎關節病因學之探討、組織工程、牙醫光電與特殊需求之口腔照顧。課程方面採取師生小組討論為主，要求學生要充實基礎課程，再以階段性從基礎之觀念探討臨床之問題，更啟發學生由臨床工作中發覺問題並結合基礎及臨床之智慧，使二者最後尋求出共同的交集面，這就是本所教學及研究要求之最高境域，本所之專題討論為全英文授課，以擴全球視野與國際移動能力。牙醫系碩士班、博士班老師之職責是隨時提供研究資訊共同研討，每月一次專題演講，提出研究方法及成果供研究生參考，並協助引導研究生發現研究方向如何尋找資料及提供資料，負責研究生之論文指導及配合研究生之需要而開其專長之科目。
未來展望
牙醫系碩士班、博士班過去在本系老師及榮總臨床教師群之共同努力下已臻至成熟，希望未來能繼續延聘牙科專業之基礎人才，加強國內外研究合作研究發展口腔防治之新導向，而CAD-CAM、3D列印、數位牙醫、數位咬合、吞嚥醫學、顏面疼痛之新穎診治及高齡牙醫學是現今極力發展及展望未來之重要領域。